Plate-forme de Génomique Fonctionnelle et Structurale - Lille 2 – IFR-114 – IRCL - Cancéropôle Nord-Ouest

Présentation

Localisée à l'IRCL, la plate-forme de génomique fonctionnelle et structurale est une structure dédiée à l'analyse génomique, service commun de l'université de Lille 2, ouverte à l'ensemble des services de recherche fondamentale et appliquée, qu'ils soient académiques (Universités, CHRU, INSERM, CNRS) ou privés. Ces analyses génomiques ont pour but de détecter et de quantifier sur des biopuces ou par séquençage haut débit la présence de nombreuses séquences d'ADN ou d'ARN et leurs variations, à l'échelle d'un génome dans son entier ou dans une région ciblée. Le service commun dispose de quatre plateaux complémentaires correspondant aux différentes approches génomiques. Les deux premiers plateaux correspondent aux technologies de micro-arrays les plus utilisées dans le monde : la technologie AGILENT et la technologie AFFYMETRIX. Le troisième et dernier plateau technologique utilise le séquençage haut débit d'APPLIED BIOSYSTEMS (SOLiD), dit de nouvelle génération, pour proposer des approches génomique avec une couverture et une précision inégalée. Finalement, le quatrième plateau, transversal, permet l'analyse biostatistique et bioinformatique des données générées.

Les projets scientifiques concernent en majorité les pathologies humaines : cancer (génomique structurale et fonctionnelle, diagnostic, pronostic et réponse aux traitements des leucémies et tumeurs solides) et les pathologies constitutionnelles (génomique structurale et fonctionnelle, diagnostic et prédisposition pour le retard mental, l'autisme, parkinson, anomalies des membres, alzheimer, ...)

Prestations proposées

Plateau micro-array Agilent :

• CGH array haute résolution.
• Gene Expression Profiling (transcriptome, miRNA).
• ChIP on chip (promoteurs, méthylome, ...).
• Contrôle qualité des ADN et ARN.

Plateau micro-array Affymetrix :

• SNP.6 (génotypage, LOH, Copy Number, ...).
• Gene Expression Profiling (transcriptome).
• Contrôle qualité des ADN et ARN.

Plateau Séquençage Haut Débit (NGS) :

• RNA-seq (séquençage du transcriptome complet) : analyse qualitative (SNP, junctions exons-exons, fusions de gènes, nouveaux transcrits) et quantitative
• Target-seq (reséquençage ciblé) : analyse qualitative de régions d'ADN génomique (SNP, indel, inversion)
• ChIP-seq : étude de l'immunoprécipitation de la chromatine.
• Méthyl-seq : étude de la méthylation de l'ADN génomique.

Plateau bioinformatique :

• Analyse des DNA Copy Number Variation avec logiciels commerciaux (DNA Analytics, Partek, GCOS) et logiciels développés par la plate-forme (WACA, ATLAS, clustering, classification supervisée).
• Analyse de l'expression avec logiciels commerciaux (GeneSpring, GeneMath).
• Analyse fonctionnelle avec des logiciels commerciaux (Ingenuity Pathway Analysis, GeneSpring 10.0) et des logiciels développés par la plate-forme (ATLAS).
• Analyse des données de séquençage sur cluster de calcul de 80 processeurs.
• Développement à façon de méthodes d'analyse.